L’île de la Réunion a été repérée avant le XIVème siècle par des navigateurs Arabes qui lui ont donnée le nom de « Dina Morgabim » (île de l’Ouest) dans la mer de Zandj (ils dénommaient ainsi la partie Sud-Ouest de l’Océan Indien). Elle n’est abordée par les Européens, des marins Portugais, Espagnols, Hollandais, Anglais, Français, qu’à partir du XVIème siècle. Ceux-ci l’appellent successivement « Santa Apollonia », « île Mascarenhas », « England Forest », puis « Bourbon ».
Pedro de MASCARENHAS en 1513, Pierre VERHUFF en 1611, Samuel CASTLETON en 1613, Manuel d’ALMEIDA en 1616, Wilhelm Ysbrantz BONTEKOE de HOORN en 1619, Thomas HERBERT en 1629, s’y sont arrêtés le temps de courtes escales pour s’approvisionner en eau, en gibier, ou en tortues. Les premières installations humaines commencent en étroite liaison avec les tentatives de colonisation de Madagascar menées par la France de Louis XIII, du cardinal de Richelieu, puis de Louis XIV.
Après deux occupations temporaires de 1646 à 1649 et 1654 à 1658, le peuplement définitif de Bourbon s’amorce à Saint-Paul, en novembre 1663, ce qui incite en attendant d’éventuelles découvertes relevant cette fois de l’archéologie, à retenir l’année 1663 comme point de départ de l’histoire de Saint-Paul. Arrivent alors à bord du navire le Saint-Charles de la Compagnie des Indes Orientales crée par FOUQUET et RIGAULT, Louis PAYEN natif de la Marne avec un autre Français, inconnu, tous deux volontaires pour s’installer à Bourbon.
Les deux hommes établis au Fort-Dauphin à Madagascar depuis 1656 sont accompagnés par dix Malgaches dont trois femmes et amènent avec eux des outils, des semences, des cochons, des cabris. Ils se fixent à l’arrière de la bande de sable littorale, au pied de la pente montagneuse, à proximité d’une caverne proche d’une cascade entre la ravine Bernica et le Cap de la Marianne. Les arrivants construisent des abris en bois, défrichent quelques mètres carrés de terre mis en légumes, en tabac, montent un enclos pour leurs animaux.
Des querelles éclatent rapidement entre les deux Français et les Malgaches, ce qui pousse ces derniers à s’éloigner vers les Hauts. Louis PAYEN quitte Saint-Paul au bout de deux ans, il revient au Fort-Dauphin, puis part définitivement de Madagascar pour regagner l’Europe en février 1666.
Le navire qui le transportait ayant fait naufrage dans la Manche, il est retenu prisonnier par les Anglais mais finit par retourner dans son village natal de Vitry-le-François où il vit en ermite quelques années. Par contre, nous n’avons à ce jour trouvé aucun document relatant le destin des onze autres membres de l’équipe, en particulier des dix Malgaches. Ils sont probablement restés à Bourbon car leur présence est encore signalée par de nouveaux venus, au milieu de l’année 1665.

C’est la réorganisation de la Compagnie des Indes sous le nom de « Compagnie française pour le commerce avec les Indes Orientales », due à COLBERT en 1664, qui permet le départ de Brest vers Madagascar et Bourbon, à partir de mars 1665, d’une expédition commandée par l’un des directeurs, Pierre de BEAUSSE paré du titre de « Président du Conseil Particulier de la France Orientale ». L’expédition transporte 288 personnes, surtout des hommes, artisans, marins, agriculteurs, soldats, voulant s’établir dans cette France de l’Orient.
Au bout de trois mois et demi de navigation, trois des quatre navires formant l’escadre, « le Taureau », « la Vierge de Bon Port » et « l’Aigle Blanc » relâchent d’abord, en juillet 1665, dans la baie de Saint-Paul. Avant de poursuivre leur route vers Madagascar, ils déposent là, seulement « une vingtaine de personnes de divers métiers », placées sous la responsabilité d’ Étienne REGNAULT, Parisien, employé aux écritures de la Compagnie.
Hors Etienne REGNAULT, il n’est pour le moment pas possible de donner avec certitude les noms des dix neuf autres arrivants car nous n’avons pas retrouvé dans les archives de la Compagnie des Indes, mention des tout premiers débarqués à Bourbon. En outre, entre juillet 1665 et novembre 1666, les navires du Président de BEAUSSE font de nombreuses rotations Fort-Dauphin – Antongil – Saint-Paul – Fort-Dauphin, amenant ou ramenant des gens de Madagascar à Bourbon, ou de Bourbon à Madagascar.
REGNAULT lui-même ne séjournera pas longtemps à Saint-Paul, il part, dès 1669, défricher le bord de la rivière Saint-Denis. Remplacé en mai 1671, par le gouverneur Jacques de La HURE, il quitte finalement l’île en juin 1671 et décèdera aux Indes, à Ougly au Nord de Chandernagor, en 1688. Cependant, quelques précieux renseignements ont été laissés par deux membres de l’expédition de Pierre de BEAUSSE, son secrétaire Urbain SOUCHU de RENNEFORT et le commissaire principal d’artillerie CARPEAU de SAUSSAY. Le premier, dans deux ouvrages imprimés à Paris en 1688 : « Relation du premier voyage de la Compagnie des Indes en l’île de Madagascar ou Dauphine », ainsi que dans : « Mémoire pour servir à l’Histoire des Indes Orientales », le second, dans un ouvrage imprimé également à Paris, en 1712 : « Voyage de Madagascar connu aussi sous le nom de l’isle de Saint-Laurent ».
De plus, CARPEAU qui était déjà venu une première fois à Madagascar à bord du Saint-Charles du capitaine KERGADIOU en 1663, est allé cette fois passer quelques jours à Saint-Paul en profitant d’une navette du « Taureau » en mai 1666 et il les a passés avec l’équipe d’Etienne REGNAULT.
Grâce au récit de CARPEAU nous savons qu’accueillis par Louis PAYEN, REGNAULT et ses compagnons s’installent en bordure Nord-Est de l’étang Saint-Paul, entre les ravines Jardin, Bassin, Tête Dure et la Forge. Ils édifient là des cabanes en troncs de bois ronds, couvertes de feuilles de lataniers, qu’ils entoureront de murets de pierres pour les protéger des intrusions de cabris, cochons, boeufs, tous sauvages, errants nombreux dans cette zone :

Vestiges de murs au dessus de la ravine Jardin au Vieux Saint-Paul en 2003
Ils plantent immédiatement du blé, des légumes, quelques pieds de vigne et bâtissent au début de l’année 1666, une chapelle également en bois, en bordure de la ravine Bassin au-dessus du lieu dit aujourd’hui « Laperrière ». La chapelle, en fait une « grande case surmontée d’une croix » comme la décrit CARPEAU, est bénite le 1er mai 1667, ce qui explique sa dénomination « Saint-Jacques et Saint-Philippe ».
Le 1er mai était en ce temps là non pas la fête des travailleurs mais le jour retenu par l’Eglise et chômé, pour commémorer des deux apôtres préférés de Jésus-Christ. La bénédiction est alors possible car depuis le 24 février 1667 un religieux cordelier portugais arrivant du Brésil, Luis de LANONINO de MATOS fait escale à Bourbon où, rapporte SOUCHU de RENNEFORT dans son « Histoire des Indes Orientales », « il fut prié de rester pour administrer sacrements et consolations spirituelles ».
Le frère de MATOS passera un peu plus d’un an dans l’île, suivi en novembre 1667 par un lazariste, le père Jean JOURDIE. Luis de MATOS célèbrera dans la paroisse Saint-Jacques et Saint-Philippe le premier baptême connu d’un enfant, peut-être né à Saint Paul : Etienne PAU, fils de Pierre PAU, jardinier originaire de Lyon et d’Anne BILLARD, native de Moulins dans l’Allier, tous deux arrivés à bord du Saint-Jean Baptiste le 27 février 1667. Le petit PAU est baptisé le 7 août 1667 ayant le commandant Etienne REGNAULT pour parrain. Ce dernier lui transmet, selon l’usage, son prénom :

Copie du registre des baptêmes faits en l’île Mascarin, transcrit de l’original sur papier calque par l’abbé MAUJEAN en 1884
« Le plus ancien. L’an 1667, le 7 août, moi Louis Monimo de Matos, curé de l’église de la paroisse de Saint-Jacques et Saint-Philippe de cette île de Bourbon, j’ai baptisé un enfant mâle du mariage de Pierre Pau, jardinier de Lyon et d’Anne Billard, sa femme, de Moulins dans le Bourbonnais. Son parrain est le sieur Estienne Regnault, commandant en l’île pour le service du roi et de messieurs de la Compagnie des Indes Orientales, qui a nommé le dit enfant Estienne et sa marraine est Antoinette Arnaud de Lyon femme de Jan Belon aussi de Lyon, ainsi signé frère Louis de Lasnonino de matos. »
Avant de quitter l’ile Bourbon, frère de MATOS aura encore la joie de baptiser en ce même lieu le 2 octobre 1667, Etienne BELON fils de Jan BELON et d’Antoinette ARNAUD, avec également Etienne REGNAULT comme parrain, puis le 4 juillet 1668, Anne MIRBEAU, fille de Jean MIRBEAU de Blois et d’Anne RANDRIANAR du pays des Matatannes (Madagascar), la marraine étant Anne PAU.
La chapelle Saint-Jacques et Saint-Philippe, désaffectée dans les dernières années du XVIIème siècle, finit emportée par un violent cyclone en 1718.
A partir de ce point de fixation appelé le « Vieux Saint-Paul », s’amorce une mise en valeur au pied de la montagne vers la ravine Bernica, aux « Roches » disait-on alors et en direction de la partie Nord-Ouest après l’étang, portant elle le nom d’ « Esplanade ». Très vite certains colons envisagent même d’aller au-delà de la baie. Le 5 septembre 1668, Gilles LAUNAY reçoit d’Etienne REGNAULT la concession d’un grand espace s’étendant du Boucan (ou Repos) des Canots au Cap Saint-Gilles, concession confirmée à LAUNAY trente ans plus tard par le commandant BASTIDE.
De 1665 à 1680 la mise en valeur est favorisée par de nouvelles arrivées d’Europe, des comptoirs des Indes, de rescapés de San Thomé, puis du Fort Dauphin, de pirates d’origines diverses et la bonne tenue des produits agricoles locaux, arack (la raque) y compris, qui se vendaient en principe exclusivement aux magasins de la Compagnie, ou plus discrètement a n’importe quel navire intéressé, stationnant dans la baie.
La fin de ce siècle fut cependant fort difficile pour les Saint-Paulois comme pour tous les colons de Bourbon. Les passages de bateaux deviennent rares après 1680, la Compagnie des Indes traverse alors une mauvaise passe financière due aux rivalités avec la Hollande, avec l’Angleterre, délaissant de ce fait l’île Bourbon. Sur place, certains Malgaches informés du massacre des Français au Fort Dauphin, s’agitent, conspirent, mais leurs projets de soulèvements sont déjoués et durement réprimés par le gouverneur Henri d’ORGERET, puis Germain de FLEURIMOND.
FLEURIMOND ne reste gouverneur que 18 mois, on le retrouve mort au soir d’une partie de chasse, en janvier 1680, au fond d’une ravine de Saint-Paul qui porte maintenant son nom. N’ayant plus de gouverneur, les habitants se choisissent eux-mêmes un responsable, désignant comme chef de la colonie le père capucin BERNARDIN de Quimper, curé de Saint-Paul. L’ecclésiastique assurera cette fonction pendant 7 ans, mais comme il est malade et ne désire plus continuer, il est remplacé, en 1687 par Jean-Baptiste DROUILLARD, ancien pilote de la Compagnie dans la mer des Indes, de passage dans l’île à ce moment là.
Les gouvernorats de DROUILLARD ainsi que celui de son successeur Henri-Habert de VAUBOULON se termineront dans l’anarchie, par les révoltes de certains colons libres contre des décisions jugées trop contraignantes ou trop arbitraires de ces deux gouverneurs : réglementation stricte de la chasse, de l’usage des chiens, obligation d’élever des animaux, confiscations de concessions, de bétail ou de récoltes, vexations diverses de la part de personnages qui se comportent en roitelets locaux.
DROUILLARD se sentant en danger quitte furtivement la colonie en 1689 sur un navire portugais, parvient à rentrer en France où il sera arrêté, jugé et incarcéré à Brest, mais seulement pour mauvaise gestion des intérêts de la Compagnie des Indes. Quant à VAUBOULON, victime d’un véritable coup d’Etat des Bourbonnais qui le destituent, il décède à la prison de Saint-Denis le 18 août 1692, après 2 ans de détention en cachot.
En attendant l’arrivée en 1696 du nouveau gouverneur, Joseph BASTIDE, cette fois envoyé par la Compagnie depuis la métropole, un Conseil des Anciens formé de six habitants de Saint-Paul gère les affaires courantes. Il est composé d’Athanase TOUCHARD né à Issy-les-Moulineaux vers1642, marié avec Elisabeth HANNO, Malgache, décédé à Saint-Paul le 16 août 1715, de Louis CARON dit « La Pie » né à Caudan en Bretagne vers 1642, époux de Monique PEREIRE, Portugaise des Indes, mort à Saint-Paul entre 1716 et 1719, de Lézin ROUILLARD né au Pont-de-Cé près d’Angers vers 1636, marié avec Antoinette ARNAUD mort le 7 septembre 1699, de René HOAREAU né à Boulogne-sur-Mer vers 1640, marié avec Marie BAUDRY mort à Saint-Paul le 7 juillet 1706, de François MUSSARD né à Argenteuil vers 1635, marié avec Marguerite COMPIEGNE décédé à Saint-Paul le 1er février 1711 et d’Antoine PAYET père dit « La Roche » né à Saint-Priest-la-Roche en Dauphiné vers 1640 époux de Louise SIARAME, Malgache, qui est mort à Saint-Paul le 7 mai 1710.